Batı Trakya'nın Almanya desteğinde Bulgaristan tarafından işgali.
(İkinci Dünya Savaşı)
Üç yıl tekrar Bulgar yönetiminde kalması. Yunan yönetimi üzerine bölgeyi terk eden Bulgarların geriye dönmesi ve pek çok Yunanlının bölgeden kaçması. Baskılar üzerine bir kısım Türk'ün Türkiye'ye göçü. Bulgarların Türklere yönelik soykırım niyetlerinin Türkiye tarafından önlenmesi.

Yunanistan'da komünizmi yaymak amacıyla silahlı çetelerin (EAM) harekete başlaması, işgalci Almanlara karşı silahlı mücadele vermesi, İngilizlerin bu çeteleri desteklemesi, çetelerin Batı Trakyalı Türklerden zorla adam ve varlıklılardan para toplaması, Türklerin komünizme sıcak yaklaşmamaları.

Bulgaristan'ın Batı Trakya'yı boşaltması.
İkinci Dünya Savaşı'nda Almanya yenilince, 1941'de işgal ettiği Yunanistan'dan çekilir, Bulgaristan'da Batı Trakya'yı boşaltır.
İşgalle beraber bölgeye gelip yerleşen Bulgarlar ülkelerine döner.

Batı Trakya'da yönetimin EAM Komünist çetelerinin eline geçmesi
İkinci Dünya Savaşı içinde Yunanlılar bölünür. Savaş sonunda Komünistler Kuzey Yunanistan'a hakim olurlar.
Batı Trakya'da yönetim biçimini komünist sisteme göre oluştururlar.
İngilizlerin Yunanistan'a çıkması ile Komünistlerin idaresi sona erer, idare tekrar Atina'ya geçer, ancak komünistler dağlara çekilir, Atina Hükümeti ile silahlı mücadeleyi sürdürür. Bu arada olan Batı Trakyalı Türklere olur. Çeteler sürekli yardım ister. Etmese çeteler tarafından öldürülür, etse hükümet tarafından cezalandırılır. Buna rağmen hükümet tarafını tutarlar.

Yunanistan'da İç Savaş
Atina Hükümeti komünistleri temizlemeye karar verir. Hazırlık yapar, ordusunu güçlendirir. Askere almada, Yunanlılardan kimin ne olduğu konusunda kuşku duyulduğu için, hükümet eli silah tutan Türkleri tam güvenle askere alır, eğitir ve komünist Yunanlılara karşı savaştırır. Daha önce komünistlere yardım eden İngiltere, bu kez komünistlerin yok edilmesine yardım eder.
İç savaş 4 yıl sürer, hükümet kuvvetlerinin başarısıyla sona erer.
İç savaşta yine en çok çeken Türkler olur. Savaş sonunda Türkiye'nin izniyle, önemli sayıda Türkiye'ye göç yaşanır.

Türkiye'nin, Batı Trakya'yı işgal edeceği söylentilerini yalanlaması.
Batı Trakya Türkleri, iç savaş sırasında, Türkiye'nin Yunanistan'la birlikte komünistlere karşı ortak önlem almasını isterler. Bu başvurulara Ankara'nın uzun süre sessiz kalması ve bu sırada Doğu Trakya bölgesinde sıkıyönetim uygulanıyor olması, Türkiye'nin niyeti konusunda kuşkular yaratır. Bunun üzerine Dışişleri Bakanı Hasan Saka, TBMM'nde; Türkiye'nin Batı Trakya'yı işgal edeceğine dair söylentileri yalanlar, Türkiye'nin Yunanistan'la ortak harekete girişmesine gerek olmadığını açıklar.

İkinci Dünya Savaşı'nda Yunanistan'ı, İtalyan işgali karşısında çete savaşları ile savunan Batı Trakya Türklerinin kahramanlıkla ödüllendirilmesi.